Эндаумент-фонды существуют уже более 500 лет. Первый подобный фонд возник в Великобритании в 1502 году за счет пожертвований на создание кафедр богословия в университетах Оксфорда и Кембриджа.
В США первым эндауметом стал в 1649 году фонд Гарварда: в актив фонда вошел участок земли, на котором сегодня находится университетская библиотека Уайднер. Именно эндаумент-фонд Гарварда является на сегодняшний день крупнейшим и формирует почти на 33% бюджет университета.
В настоящее время крупнейшими эндаумент-фондами в мире являются фонды Йеля, Стэнфорда, Принстона, а также в Японии, Австралии и др. В вузах средства, полученные от управления эндаумент-фондами, зачастую формируют 25-45% их бюджета.
Хорошо известен Нобелевский фонд, который был создан в конце XIX века. По завещанию Альфреда Нобеля средства, вырученные от продажи его собственности, должны были быть вложены в надежные ценные бумаги, а на проценты от прибыли выдаваться премии за выдающиеся заслуги в различных областях человеческой деятельности.
В дореволюционной России механизм, схожий с эндаумент-фондами, существовал с 18 века: меценаты вносили «вечный» вклад в банк, проценты по которому направлялись на благотворительность. Так, на пожертвования армянских купцов был создан Лазаревский институт восточных языков, впоследствии преобразованный в Московский институт востоковедения и вошедший в состав МГИМО.
В современной России оздание эндаумент-фондов стало возможно благодаря Федеральному закону 275-ФЗ «О порядке формирования и использования целевого капитала некоммерческих организаций», который был принят 30 декабря 2006 года. В 2011 году в этот закон и в Налоговый кодекс РФ были внесены изменения, которые призваны заполнить пробелы в законодательстве, учесть предложения экспертов и практиков. В частности, предусмотрена возможность пополнения целевого капитала ценными бумагами и недвижимым имуществом.
В настоящее время в России зарегистрировано более 116 фондов целевого капитала (подавляющее большинство из них – в сфере высшего профессионального образования).